Avant de vous donner une liste d’aliments qui feront du bien à votre microbiote, il est important de revenir sur les différentes fonctions de ce dernier pour comprendre pourquoi il est si essentiel d’en prendre soin et de lui apporter les meilleurs aliments possibles.
À quoi sert le microbiote intestinal ? Les 3 fonctions essentielles
Notre microbiote se répartit en 3 grandes fonctions :
- Il protège notre muqueuse digestive
- Il communique en permanence avec notre système immunitaire
- Il a une fonction métabolique
Nous allons détailler chacune d’elles.
Comment le microbiote protège la barrière intestinale ?
Le microbiote, lorsqu’il est équilibré, permet de garder une bonne perméabilité intestinale. Pour cela, il participe à la fabrication du mucus. Le mucus peut être comparé à une couche gélatineuse qui :
- Permet au microbiote de se renouveler,
- Protège la muqueuse digestive,
- Empêche les agents pathogènes de traverser la barrière intestinale.

Microbiote et immunité : quel lien avec nos défenses naturelles ?
C’est une fonction assez méconnue du grand public et pourtant d’une grande importance. Notre microbiote interagit en permanence avec notre système immunitaire. Cela permet :
- Une bonne défense contre les agents pathogènes,
- Une tolérance vis-à-vis des molécules étrangères.
Et vous ne le savez peut-être pas, mais tous les aliments que nous avalons sont des molécules étrangères que notre système immunitaire doit reconnaître pour les accepter.
Pour cela, notre muqueuse intestinale est dotée de cellules spécialisées qui :
- Produisent des composés antimicrobiens,
- Fabriquent des anticorps essentiels à la protection de l’organisme,
- Rassemblent des cellules immunitaires comme les lymphocytes B et T.
On considère qu’environ 70 % de notre immunité est en lien direct avec la sphère intestinale. C’est énorme, vous ne trouvez pas ?
Un microbiote sain va participer à la régulation de toutes ces cellules immunitaires. Il sert en quelque sorte de médiateur. Grâce à lui, le système immunitaire contrôle mieux l’inflammation. Or, une inflammation non maîtrisée est la porte ouverte à toutes les maladies de civilisation : cancers, maladies cardiovasculaires, diabète…
👉 Donc à toutes celles et ceux qui prennent des vitamines avant l’hiver en pensant renforcer leur système immunitaire : vous vous doutez bien qu’il y a peu de chance que cela fonctionne sans un microbiote équilibré.
Microbiote et métabolisme : pourquoi influence-t-il le poids et la glycémie ?
Vous l’aurez certainement remarqué : certaines personnes mangent ce qu’elles veulent et ne prennent pas un gramme, quand d’autres voient leur balance s’affoler au moindre écart. Cela peut s’expliquer en partie par la diversité de notre microbiote.
En effet, le microbiote participe à la dégradation des résidus alimentaires et certaines familles de bactéries vont extraire l’énergie des aliments. Quand il est équilibré, le métabolisme fonctionne correctement. Mais lorsqu’il est déséquilibré, les bactéries peuvent extraire davantage d’énergie et de calories, ce qui entraîne plus facilement une prise de poids.
Un microbiote déséquilibré pourra, à plus ou moins long terme, provoquer :
- une prise de poids,
- un excès de cholestérol,
- un diabète de type 2.
J’espère qu’après cette présentation des fonctions du microbiote, vous aurez envie d’en prendre soin et de bien le nourrir.
Quels aliments manger pour nourrir son microbiote ?
Dans cette partie, nous allons partir du principe que votre microbiote est en eubiose et qu’il n’y a pas de troubles fonctionnels digestifs. Car malheureusement, beaucoup d’aliments bénéfiques au microbiote sont mal tolérés par les personnes souffrant de troubles digestifs (ballonnements, spasmes, diarrhées…).
Les aliments riches en prébiotiques pour l’intestin :
- Les fructanes : on les retrouve dans les poireaux, asperges, oignons, endives, chicorée, artichaut, topinambours. Leurs effets positifs :
- améliorer l’absorption du calcium et du magnésium,
- augmenter les familles de bactéries bénéfiques,
- diminuer la masse grasse et améliorer le métabolisme glycémique (glycémie plus stable, moins de recours à l’insuline).
- Les amidons résistants : présents dans les féculents cuits puis refroidis (pomme de terre, riz), les légumineuses (lentilles, pois chiches, haricots rouges) et les céréales complètes. Leurs effets :
- améliorer la fonction barrière de la muqueuse digestive,
- améliorer la sensibilité à l’insuline, donc moins de stockage de graisses.
- Les polyphénols : longtemps appelés les « aliments du futur », ils ont prouvé leur efficacité. On les trouve dans : fruits rouges, café, thé (notamment le thé vert), chocolat, raisin et vin, épices comme curcuma et gingembre, légumes colorés (oignon rouge, aubergine, chou rouge, radis noir…). Leurs bénéfices :
- prévention cardiovasculaire,
- prévention des maladies neurodégénératives.
- Les fruits et légumes riches en fibres : ils nourrissent directement le microbiote.
- Le lactose en quantité raisonnable (1 yaourt/jour) : il peut servir de substrat pour le microbiote, même si en excès il peut être mal toléré.
Les aliments fermentés à consommer pour un microbiote sain ?
L’alimentation fermentée est ancienne mais mérite d’être remise au goût du jour. Elle est riche en micro-organismes vivants, de véritables probiotiques naturels. Contrairement aux gélules, vous pouvez la consommer directement via l’alimentation.
Quelques exemples :
- Le pain au levain : privilégiez le vrai levain artisanal.
- Le kéfir de fruits : une boisson fermentée facile à préparer. Un verre contient plusieurs milliards de micro-organismes.
- Le ginger bug : un levain de gingembre qui permet de réaliser des sodas probiotiques maison.
- Les légumes lacto-fermentés : riches en micro-organismes vivants, ils améliorent l’assimilation des nutriments, se conservent mieux et sont plus digestes.
👉 Pour approfondir : L’alimentation incroyable microbiote (éditions Leduc) ou le compte Instagram d’Andréa Decaudin @petillium.
Comment adopter une bonne alimentation pour son microbiote ?
Les aliments qui nourrissent notre microbiote sont des aliments simples, non transformés. Pas d’industriel dans les placards : oui, il faut cuisiner un peu, mais le plaisir et les bienfaits en valent la peine.
Si vous avez des troubles digestifs (ballonnements, spasmes, diarrhées), votre microbiote en dysbiose n’est plus en mesure de tout digérer. La première étape est de consulter un médecin pour écarter toute pathologie grave, puis de vous faire accompagner par un praticien en micronutrition ou en santé fonctionnelle pour retrouver un équilibre progressif et réintroduire les bons aliments.
Si vous souhaitez en savoir plus sur la micronutrition, je vous conseille de lire cet article qui présente clairement ce qu’est la micronutrition et comment se déroule une séance : https://micronutrition-prevention.fr/la-micronutrition-quest-ce-que-cest-et-pourquoi-sy-interesser/
Si vous souhaitez que nous discutions de vos problèmes, je vous propose un RDV découverte gratuit de 15 minutes. Vous pouvez réserver via le lien suivant :
FAQ : Microbiote intestinal et alimentation : vos questions fréquentes
Quels sont les aliments les plus mauvais pour le microbiote ?
Les produits ultra-transformés, riches en additifs, sucres raffinés et graisses saturées, appauvrissent la diversité bactérienne et favorisent l’inflammation intestinale.
Comment savoir si mon microbiote est déséquilibré ?
Les signes fréquents : ballonnements, gaz, diarrhées, constipation, fatigue chronique, intolérances alimentaires, troubles cutanés (acné, eczéma).
Quelle différence entre prébiotiques et probiotiques ?
Les prébiotiques : fibres et substances qui nourrissent les bonnes bactéries.
Les probiotiques : micro-organismes vivants qui enrichissent directement le microbiote.
Les probiotiques en gélules sont-ils efficaces ?
Ils peuvent être utiles ponctuellement, mais une alimentation riche en fibres et aliments fermentés reste la meilleure stratégie à long terme. Les probiotiques auront une efficacité passagère si rien d’autre n’est mis en place.
Peut-on réparer son microbiote après des antibiotiques ?
Oui, avec une alimentation riche en fibres, prébiotiques et aliments fermentés, et en laissant le temps au microbiote de se régénérer.




